化学法是目前多肽修饰中研究成熟、应用广泛的修饰方法，它主要包括液相法和固相法。
1)液相法
液相法是一种经典的方法，在纯度监测和规模化生产等方面具有*优势。在肽的环化修饰中，为避免发生分子间反应生成线性或环状的二聚体和多聚体，反应需要在高度稀释的溶液中进行(10-3 ～10-4 mol/ L)。但在此高度稀释的条件下，常存在反应时间延长、副反应较多等局限性，给后处理增加不便。针对这种情况，使用一种空间位阻大的树突状硅烷取代碳二亚胺作为缩合剂，代替常
规试剂二环己基碳二亚胺(顿颁颁)进行溶液方式的内酰胺环肽合成，得到纯度很高的目标化合物。
2)固相法
固相法因为易于分离纯化而广泛应用在肽修饰中，采用此法合成的肽修饰物其产率和分离纯度也明显高于采用液相法。在固相肽合成中，C 末端氨基酸残基与载体相连后再组装剩余氨基酸，对合成C 末端修饰肽存在着先天障碍。选用相对普通的2-氯三苯甲基氯树脂为载体，固相合成全保护肽亮丙瑞林(Py r-Hi s-Trp-Ser-Tyr-D-Leu-eu-A rg-Pro-NHEt)，25 ℃下乙胺化反应5 min 后直接切割侧链，实现了肽片段乙胺化和侧链切割步骤的连续耦合进行，避免了中间产物的分离纯化，成功为其他C-末端多肽修饰提供借鉴。
3)酶法
酶在修饰位点的立体选择性和温和快速高效的合成反应条件等方面具有极大的优势。在糖肽合成中，糖基氨基酸经酶促缩合反应接入寡肽，然后用糖基转移酶完成进一步的寡糖修饰，这种酶促反应可以在水溶液中进行，并且只需要小限度的保护。但是酶存在着来源单一，不易获取等局限性。此外底物中肽链氨基酸顺序有可能会影响其修饰效率，以酶法将半乳糖胺连接到肽段上合成糖肽时，发现反应的产率取决于底物的结构和糖基化两个因素，普遍较低。随着DNA 技术的发展和研究的不断深入，酶将在肽修饰中发挥越来越重要的作用。
4)化学酶法耦合
采用化学和酶法相结合的化学酶法来进行肽修饰研究，可减少化学试剂的过量使用带来的污染，同时也保证了温和条件下酶催化的产率。固相合成N 端共轭糖基内吗啡肽-1 衍生物，再在糖基转移酶的催化下将N-乙酰基胺基葡糖化合物连接到化学法合成的糖肽上，形成目标产物N端三糖肽内吗啡肽-1 类似物，此合成过程只需小限度的保护。以修饰的硅胶为固相载体，此载体上用化学法快速合成肽键并酶法合成糖苷键，成功合成Sialyl lew is x 抗原。
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